El Río Santo Tomás, cuyo cauce no supera los 8 metros y que bordea a Arkaia por su parte oeste, es un conector ecológico entre los Montes Altos de Vitoria-Gasteiz y los Humedales de Salburua y las balsas de Arkaute, un refugio de la fauna y flora silvestre con riqueza naturalística propia donde se ha constatado la presencia de visón europeo, especie catalogada en peligro de extinción.
También, desde Arkaia se puede contemplar: el monte Aitzgorri, en la Sierra de Elgea-Urkilla, parte de los montes de la Sierra de Izki (San Vitor, Kapildui) y algunos picos de la Sierra de Cantabria (Palogán). Próximos se encuentran los Montes Altos de Vitoria-Gasteiz (Zaldiaran) y el cerro de Olárizu, famoso por la romería del mismo nombre que se celebra en septiembre.
Andando o en bicicleta, desde Arkaia se puede acceder al Parque de Salburua (anillo verde), a la vía verde del ferrocarril vasco-navarro, hacer un tramo del Camino de Santiago alavés, etc.
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